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病毒性肝炎的發病機制目前未能充分闡明。
乙型肝炎病毒感染肝細胞並在其中複製，一般認爲並不直接引起肝細胞病變，但HBV基因整合於宿主的肝細胞染色體中，可能產生遠期後果。乙型肝炎的肝細胞損傷主要是通過機體一系列免疫應答所造成，其中以細胞免疫爲主。表達在肝細胞膜上的HBV核心抗原（HBcAg）和肝特異性脂蛋白是主要的靶抗原，致敏T淋巴細胞的細胞毒效應是肝細胞損傷的主要機制，而抗體依賴的細胞毒作用及淋巴因子，單核因子等的綜合效應也十分重要，尤其在慢性活動型肝炎的病理損傷機制中，而特異性T輔助性細胞持續性損傷中起重要作用。特異性抗體與循環中的相應抗原及病毒顆粒結合成免疫複合物，並經吞噬細胞吞噬清除。循環中的某些免疫複合物可沉積於小血管基底膜，關節腔內以及各臟器的小血管壁，而引起皮疹，關節炎腎小球腎炎、結節性多發性動脈炎等肝外病變。受染肝細胞被破壞以及HBV被保護性抗體（抗-HBs，尤其是抗-前S2）所清除可導致感染終止。
機體免疫反應的強弱及免疫調節機能是否正常與乙型肝炎臨牀類型及轉歸有密切關係。在免疫應答和免疫調節機能正常的機體，受染肝細胞被效應細胞攻擊而破壞，使感染終止，臨牀表現爲經過順利的急性肝炎，且由於病毒數量的多寡及毒力強弱所致肝細胞受損的程度不同而表現急性黃疸型或急性無黃疸型肝炎。若機體針對HBV的特異性體液免疫及細胞免疫功能嚴懲缺損或呈免疫耐受或免疫麻痹，受染肝細胞未遭受免疫性損傷或僅輕微損傷，病毒未能清除，則表現爲無症狀慢性帶毒者。若機體免疫功能（主要是清除功能）低下，病毒未得徹底清除，肝細胞不斷受到輕度損害，則表現爲慢性遷延型肝炎，慢性活動型肝炎。慢性活動型肝炎的發病機制較複雜，機體由於特異性免疫功能低下，不能充分清除循環中以及受染肝細胞內的病毒，病毒持續在肝細胞內複製，使肝細胞不斷受到免疫損傷，且由於抑制性T細胞的數量或功能不足，以及肝細胞代謝失常所致肝內形成的免疫調節分子發生質與量改變，導致免疫調節功能紊亂，以致T-B細胞之間及T細胞各亞羣之間的協調功能失常，自身抗體產生增多，通過抗體依賴細胞毒效應或抗體介導補體依賴的細胞溶解作用，造成自身免疫性肝損傷；或大量抗原-抗體複合物的形成，導致肝細胞和其它器官更嚴重持久的損害。重型肝炎的病理的損傷機制主要是由於機體的免疫功能嚴重失調，特異性免疫反應增強，自身免疫反應明顯，通過肝內免疫複合物反應和抗體依賴細胞毒作用造成肝細胞大塊壞死。近年來認爲內毒素血癥所致腫瘤壞死因子-α(TNFα)大量釋出,引起局部微循環障礙，可導致肝臟急性出血性壞死及大塊壞死；且發現自由基變化對肝損傷及肝性腦病等的發生有關。(林文棠)
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