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以最小的創傷達到治癒疾病的目的，是微創外科的發展方向。南開醫院微創外科主要包括腹腔鏡外科和內鏡外科。南開醫院是國內最早開展微創外科手術的醫院之一。
腹腔鏡手術歷史：
1987年3月，法國醫生Phillipe Mouret成功完成第一例腹腔鏡膽囊切除術。
1991年2月，我國完成第一例腹腔鏡膽囊切除術。
1991年7月，天津市第一例腹腔鏡膽囊切除術在南開醫院完成。
目前南開醫院完成各類腹腔鏡手術16000餘例，內鏡治療20000餘例。三、目前腹腔鏡手術的種類
普外科：
1、腹腔鏡膽囊切除術（膽囊結石、膽囊息肉、膽囊腺肌症、非結石性膽囊炎、膽囊癌）
2、腹腔鏡膽總管探查術（內鏡和腹腔鏡聯合治療膽總管結石）
3、腹腔鏡胃底摺疊術（返流性食管炎）
4、腹腔鏡粘連鬆解術（粘連性腸梗阻）
5、腹腔鏡結腸切除術（結腸癌、結腸良性腫物）
6、腹腔鏡脾切除術（脾功能亢進、血液病病理脾）
7、腹腔鏡闌尾切除術（急、慢性闌尾炎），
8、腹腔鏡穿孔修補術（胃及十二指腸潰瘍病急性穿孔）
9、腹腔鏡囊腫開窗引流術（肝、腎囊腫）
10、腹腔鏡探查術（腹部開放及閉合性損傷、腫瘤的腹腔轉移、腹膜炎的病因診斷及各種腹腔疑難疾病的診斷）
婦產科：
1、腹腔鏡卵巢囊腫剝離術（卵巢囊腫）
2、腹腔鏡卵巢切除術（各種卵巢良惡性腫物）
3、腹腔鏡子宮切除術（子宮肌瘤、子宮腺肌症）
4、腹腔鏡輸卵管再通術（不孕症）
5、腹腔鏡探查術（不明原因婦科疾病）
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