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複雜、多次膽道手術的原因複雜，一方面，凡是能夠導致膽道原發疾病的各種因素都可成爲複雜、多次膽道手術原因：另一方面，膽道手術方式的選擇、術中病竈的處置等也是不容忽視的問題，從病因學分析可歸結爲結石、炎症、狹窄和腫瘤等以下幾類。
3.1肝內、外膽管結石
可分爲原發性膽管結石和殘餘膽管結石。
3.2良性膽道狹窄
（1） Oddi括約肌狹窄。
（2）膽管良性狹窄包括炎性狹窄、膽管修復後再狹窄、膽腸吻合口狹窄等。
3.3腫瘤
（1）膽道系統惡性腫瘤。
（2）良性腫瘤和癌變。
另外，膽管損傷、反流性膽管炎和膽道感染等都是導致手術複雜性增加的原因。
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