布什政府作出決定，在科學家們研究出新的天花疫苗之前，保留世界上現存的實驗用天花病毒。天花在70年代就滅絕了，目前缺少天花疫苗，醫生們束手無策，要想研究出新的疫苗，至少還要等上數年甚至數十年。
據《紐約時報》11月15日報道，美國政府高級官員透露了布什保留天花病毒的決定。布什在炭疽恐慌似乎散去之時做出這樣的決定，人們不免擔懮生化襲擊可能不單單是恐怖活動那麼簡單。
自天花滅絕以來，世界衛生組織和一些國家的官員都強烈要求銷毀供研究用的天花病毒，以絕後患。此次布什的新決定想必會引發一場大爭論。
美國歷屆政府也在是否銷毀天花病毒問題上爭論不下，一直有科學家和五角大樓官員要求保留病毒。1999年，美國前總統克林頓宣布暫時保留天花病毒，以供科學家進一步研究。克林頓政府私下裡向各國保證，美國將支持在2002年以前銷毀世界上現存的所有天花病毒。
但布什政府的新決定沒有說明什麼時候最終銷毀天花病毒，這顯示，美國政府重新評估了生化恐怖威脅發生的可能性。有政府官員表示，美國現存的天花病毒保留在亞特蘭大的疾病控制與防治中心的實驗室中，美國至少要研究出2種天花疫苗，在此之前，這些病毒樣本不能被銷毀。
美國自1972年停止常規接種天花疫苗以來，沒有人知道天花疫苗作用的時限是多久。有報道稱，美國數百萬30歲以下的年輕人特別容易遭受天花病毒的侵襲，因為他們從來就沒有接種過天花疫苗。更糟的情況是，美國許多醫生沒有見過天花病例，只有少部分參加過世界衛生組織天花項目工作的醫生對這種疾病有所了解。
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