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人們生活在一個充滿微生物的環境與世界裏，食品在生產與加工過程中，有許多機會可以受到污染。如許多可經食物傳播的微生物廣泛存在於健康、供作食用的肉用動物的腸道內。在畜禽屠宰過程中，肉屍可以通過接觸腸道內容物而受到污染。同樣，如果洗滌用水或灌溉用水受到動物糞便或人糞便的污染，新鮮蔬菜和水果也可以被污染。某些沙門氏菌菌株可以感染雞的卵巢，因此，一個外觀看上去很正常的雞蛋在蛋殼尚未形成前，其內容物就已受到沙門氏菌的污染。牡蠣和其他以濾過性方式攝食的貝類可以濃縮海水中天然存在的弧菌或排放到海洋中的人糞便中存在的某些病原微生物。
在食品加工製作階段，許多可經食物傳播的微生物可以通過加工製作食品的人員或與其他生鮮農產品交叉污染的方式污染食品。例如，志賀氏菌(Shigella)、甲肝病毒(Hepatitis A virus)和諾瓦克病毒(Norwalk virus)均可以通過受到感染的食品從業人員的手污染食品。在廚房，常常可以通過使用同一把刀、同一塊砧板或其他同一加工工具，在使用後未清洗即用於另一種食品的加工處理，造成微生物從一種食物擴散到另一種食物。某種已經加熱燒煮的食品如果再接觸其他生的食品，或接觸到含有病原體的生鮮食物的水滴，也可以被再次污染。
食品受到污染以後採用不同的處理方式也關係到疾病是否會爆發。許多在食品中存在的細菌需要生長繁殖達到一定的菌量才能導致疾病。在一定的溫、溼度條件下，如給予充足的營養物質，一個細菌每半小時通過分裂複製形成兩個細菌，這樣在短短的12小時內，一個細菌可以通過這種方式繁殖形成160億個細菌。其結果是，原先受到輕度污染的食品經過一整夜後，到第二天就可能是感染性很高的食品了。如果將食品及時放入冰箱冷藏，細菌也就不會生長繁殖。概括起來說，冷藏或冷凍基本上使所有的細菌都停止了生長繁殖，但細菌只是暫時處於這種狀態。這種基本規律也有少數例外。有兩種食源性細菌(李斯忒單胞菌和耶爾森腸桿菌)就可以在冷藏的溫度條件下生長。高鹽、高糖或高酸可以制止細菌的生長，傳統上人們就是利用細菌的這一特性製作鹹肉、果醬和醃製蔬菜來達到保藏食品的目的。
通過加熱可以殺死微生物。如果將食品加熱到中心溫度達到160℉(或78℃)，維持數秒鐘，即足以殺滅各種寄生蟲、病毒或細菌，不過這種溫度條件還不能殺滅芽孢桿菌，芽孢桿菌可以以一種耐熱的形態存在，稱爲芽孢(Spore)。
細菌產生的各種毒素其耐熱性各異。金黃色葡萄球菌產生的毒素即使在煮沸條件下也不被破壞，而肉毒桿菌產生的毒素經煮沸即可被完全滅活。
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