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動物性食品的生鮮原料極有可能已受到污染，動物性食品原料主要有生鮮畜禽肉、鮮蛋、生鮮牛奶和貝類等。因濾食性貝類菌株可在海水中存在數月之久，因此只要海水存在任何一種病原體，貝類食品就很可能被污染。用動物性食品原料混合製成的食品危險性特別大，如將大量生鮮牛奶混合在一起，將許多鮮蛋打在一個大的容器內，將許多牛肉絞碎混合在一起等。只要其中一小部分的動物性食品原料存在某種病原體，就會污染整批食物。一隻漢堡包可能含有用數百頭肉用動物加工製成的肉類原料，某餐館供應的一份炒雞蛋可能含數百隻雞所下雞蛋混合而成的原料，一杯牛奶其中可能含有數百頭乳牛所產的牛乳原料，一隻烘烤用的殺白雞因在宰殺後與其他殺白雞泡在同一水池中而可能接觸到其他殺白雞的血跡污水等。
生吃的水果蔬菜應加以特別的注意。通過清洗可以減少但不能完全消除水果蔬菜中含有的污染物，因此消費者幾乎很難自我保護。一些食物中毒的爆發事例證明，食用在衛生條件極差的情況下加工的新鮮水果和蔬菜可以引起發病。表明水果與蔬菜收穫後，清洗和冷卻用水的衛生質量十分重要。使用不潔水可使整箱的水果蔬菜受到污染。施用新鮮糞便也可以使蔬菜污染。苜宿苗和其他嫩苗培植的條件對微生物的生長也同樣十分理想，而這些嫩苗通常又是不經加熱直接生吃食用的。如果種籽上存在少量病原菌可在嫩苗培植過程中生長繁殖，並達到很高的菌量。未經巴斯消毒的果汁也可以受到污染，如果所用水果原料內部或表面存在病原體的話。
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