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原因不明性不孕症是指夫婦有正常性生活，女方有排卵，經婦科檢查及全面檢查未發現異常，男方精液及其他檢查亦均正常，但兩年以上未懷孕者。也就是說雙方均未查出與不孕有關的原因。據報道，原因不明性不孕的發生率約佔不孕症的10%。根據近年的研究，就目前醫學科學水平而言，原因不明性不孕症的可能原因有以下幾種：
(1)免疫因素，女方血清中或宮頸粘液中含有抗精子抗體，使精子凝集而影響精子的活力。
(2)卵子不健全，雖有排卵而不能受孕。
(3)內分泌功能不足。
(4)黃素化未破裂卵泡，從基礎體溫曲線看似有排卵，但實際並未排卵而卵泡直接發生黃素化。
(5)子宮後傾。
(6)隱性流產。
(7)其他。如思想負擔過重、焦慮，隱匿性全身性疾病，男性有輕微性功能障礙，性交次數減少等等。
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