雖然藥品多次降價，人們為何仍然感到『看病貴』、『藥價高』呢？據經濟參考報報道，據調查了解，這其中的主要原因，一是藥品流通環節的『黑洞』太大；二是長期以來形成的『以藥養醫』機制。
一位業內人士透露說：某一種處方藥的定價為每盒100元，其中給醫生的回扣大約40元，花在藥品推銷員身上的成本——包括底薪和提成最低10元，中間商——醫藥公司要賺10元，醫藥招標中的花費約為15元，75元就這樣用掉了。而醫藥企業還要納稅約14元，原材料、生產成本、企業管理費用、銷售成本、工人工資一共纔11元。
華北制藥一位銷售人員舉例說：『比如頭孢曲松，企業出廠價僅佔到醫院零售價的14%。』
據了解，從1989年開始，政府對醫療機構實行定額投入，醫療機構超支不補，結餘留用，允許醫療機構銷售藥品時加價15%至20%作為補償。
山東新華醫藥公司負責人說，『以藥養醫』機制導致高價藥反而好賣，並削弱了價格普遍便宜的國內藥企的競爭力。與普通商品的市場競爭通常采用大打價格戰等手段相反，藥品生產企業的競爭方式是逆向定價，即『價格越高、折扣越大、銷量越大』。
四川一家藥廠生產的左氧氟沙星價格降低後，在幾家大醫院的銷售額迅速下降，從以前的200萬元降至幾乎為零，廠家因此被迫減少產量。
另一個典型例子是青霉素，人們已經很難在城裡的大醫院見到曾經熱銷的青霉素的身影了。經數次調價，一支青霉素的價格如今只有幾毛錢，利潤極低，醫生轉而使用與之療效接近的但價格較高的藥物。對高價藥用得越多，醫院的利潤就越大，而病人的花費也就越大，由此纔導致醫院『天價藥費』屢屢出現。統計顯示，目前醫院總收入的50%至70%是經營藥品所形成的利潤收入。
中國化學制藥工業協會專家委員會副主任俞觀文把『以藥養醫』對中國藥企的危害歸結為三條：一、扭曲了醫藥市場，如今醫療機構通常優先選用價格比較高的藥品，特別是選用高價格的進口藥和外資企業生產的藥品，國內藥企的價格優勢在這裡反而成了劣勢；二、目前企業80%以上的產品銷往醫院，醫院對藥企處於絕對強勢地位，迫使企業在招標等環節不得不采取『二次公關』等手段，在加大企業負擔的同時還滋生了腐敗；三、藥品降價本應是生產、流通和使用等環節全部下降，但在現有機制下降價壓力基本由生產環節『獨力承擔』。
中國化學制藥工業協會執行會長李舜年等人認為，2001至2004年，中國藥價指數逐年下降，降幅分別為1.5%、3.5%、1.7%和3.6%，但同一時期衛生系統綜合醫院門診和住院費則平均每年上漲8.2%和8.6%，國家降低藥價的成果被『以藥養醫』等機制衝刷掉了。顯然，單靠藥品降價已無法根本解決老百姓看病貴、看病難的問題。因此，應盡快終止『以藥養醫』，逐步實現醫藥分業、合理用藥。
華北制藥集團有關負責人談到，制藥行業是關系國計民生的重要戰略性行業，國家應加大投入，盡快建立中國新藥研發體系。同時還呼吁，國家應在稅收和價格方面調整政策，拉近國內制藥企業與外資、合資制藥企業的差別；對醫院開征藥品經營增值稅，建立藥品價格的正向調節機制，改變目前藥品價格越高醫院獲利越多的反向調節機制；國家應負責制定藥品的定價政策，負責專利藥物的定價和對醫院執行藥品價格的情況進行有效監督，非專利藥物價格則應放開，內外資企業執行相同的價格政策。
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