卵巢囊腫的兩種不同治療方法，患上卵巢囊腫以後，除了可以進行藥物的治療以外，還可以通過手術治療的方法來實現。對於病情比較嚴重的患者，就可以通過手術切除的方式使患者儘快的擺脫痛苦。
1、手術治療。對於患者是不是要進行手術，需要進行嚴格的判斷。良性卵巢腫瘤患者，要切除患側卵巢腫瘤，手術時一定要檢查對側的卵巢情況，如果對側也有腫瘤則必須切除，同時做病理檢查。但術後易復發。惡性腫瘤者手術是首選方法，手術後還須進行化療、放療。
2、微創治療。微創治療是治療卵巢囊腫的先進方法，它的優點是比較明顯的。腹腔鏡微創技術是一種無痛、無創、副作用小、恢復快是一種技術，也是目前最受卵巢囊腫所親睞的一種技術。現代的腹腔鏡手術系統配套有較爲完整的設備，可以施行從簡單到複雜的多種手術，完全能保證根據術中病人的需要施行最合理的治療。由於手術只需要三個小的穿刺孔，對腹壁及盆腔內均損傷很小，病人術後當天可以下牀，次日進食、活動自如，術後3日內可以出院。一般一週可以恢復工作。
卵巢囊腫的治療方法取決於患者年齡，症狀是否惡變，囊腫的部位，體積，大小，生長速度，造成子宮附件的變形情況，是否保留生育功能及患者的主觀願望等因素而定。爲了保證手術的成功，患者要選擇適合自己的方法進行治療。
