IT“熱”雖然已經過去,但是IT正被應用於生命科學及醫學等其他科學領域中,並結出了累累碩果。美國St.Jude Children’s Research Hospital(以下簡稱St.Jude醫院)的研究系統就是最好的例子。位於田納西州孟斐斯的這家醫院在兒科疾病治療的研究方面走在了世界的前列。該醫院附屬的Hartwell中心就是一家從事“Bio Informatics”的信息處理研究所。
何謂Bio Informatics?
在20世紀最後的10年間,將領導時代的“信息科學”與“基因工學”加以融合,促進新科學領域的誕生。這就是Bio Informatics。
現在,基因學與包括基因學在內的生命科學如果沒有信息技術(IT)的支持就根本無法發展。2000年2月,人類的DNA鹼基排列(人類染色體組)基本破譯完畢。染色體組類似於長篇加密文章一樣,記錄了人類所有的基因信息。
構成染色體組的G(鳥嘌呤)、C(胞核嘧啶)、T(胸腺嘧啶)、A(腺嘌呤)四種鹼基32億個形成一條長鏈。爲了獲得幾乎是無限長的ATGCCGCAGTC......鹼基鏈信息,科學家們運用了超級計算機。
民營企業Celera公司與政府計劃--“人類染色體組”計劃展開了激烈的競爭,並幾乎同時破解了染色體組。該公司使用的超級計算機是相互連接800臺64位個人電腦的怪物般的並列處理設備。加上被稱作“Sequencer”的機器人,可以從一端讀取DNA的鹼基序列,並尋找出潛藏在裏側的基因。
Celera公司將通過這種方法獲得的基因數據存儲於大容量的計算機並建立了數據庫。然後通過因特網開始有償向製藥公司及醫學研究所等提供了這些信息。因爲如果靈活使用基因級別的信息,藥品及醫療技術的開發將比以往更前進一步,同時可以提高開發效率。Celera公司的這一業務模式成爲了此後的“Bio Informatics”熱潮的先驅。
將臨牀與科研聯繫起來
Hartwell中心所從事的工作基本上與Celera公司相同。但是該中心獨具特色的是作爲St. Jude醫院的附屬機構與兒科病的治療直接聯繫在了一起。
由於醫院的臨牀醫生同時又是研究人員,因此在對自己負責的兒科患者的病因無法理解時,可以將人體組織的細胞發送至Hartwell中心。該中心使用定序器和並列超級計算機分析出患病細胞的DNA,並將獲得的數據交給醫生。
該中心主任Clayton Naeve博士表示,“作爲科學家感到最高興的是能夠親自看到我們的研究成果直接反映到孩子們的康復當中”。
作爲其中的一個例子,博士舉出了小兒白白血病的研究。在St. Jude醫院1962年設立之初,患有白血病的小兒患者的生存率只有4%。過了40年以後的如今,生存率提高到了80%。
這個例子充分顯示了尖端醫療技術與作爲其基礎的生命科學的迅猛發展。但是,科學家決不會滿足於這一數字。Naeve博士表示,“要想克服剩下的20%,就需要進行深入到基因級別的醫學研究”。
爲了實現這一夢想,該中心已經購買了600個被稱作“Gene Chip”的特殊IC,並嵌入了超級計算機系統。如果使用該系統,就可以較此前更深刻地理解患病細胞基因的具體表徵。Naeve博士認爲,基此不僅可以進一步推動小兒白血病的基礎研究,而且還可以立即將這一成果反映到臨牀治療當中。
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