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由於非典型肺炎有較強的傳染性，可通過近距離空氣飛沫、病人分泌物傳播，衛生部日前提出，要綜合做好預防院內感染髮生的各項措施，醫務人員要增強體質，注意勞逸結合，避免過度勞累，提高抵抗疾病的能力。
具體的防護措施如下：
醫護辦公室通風換氣，保持室內空氣流通。
醫護人員進入病區必須戴12層棉紗口罩，4小時應更換；進入病房均需穿隔離衣、戴手套、工作帽和鞋套。
醫護人員在每次接觸病人後立即進行手的消毒和清洗。手消毒可用0.3%至0.5%碘伏消毒液浸泡或擦拭手部1至3分鐘，洗手應採用非接觸式的洗手裝置。
進行近距離操作時，除做好上述防護外，應戴防護眼鏡。
醫護人員在進入、離開病區時，要注意呼吸道及粘膜防護。
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