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衛生部強調，醫院收治非典型肺炎病人時，必須採取嚴格的隔離防護措施。
結合前階段的防治經驗，衛生部日前制定醫院消毒隔離工作指南(試行)，要求全體醫護人員要提高認識，特別是急診、門診工作人員，要掌握非典型肺炎的臨牀特徵、診斷標準、治療原則和防護措施，及時發現病人，避免漏診、誤診。
同時，醫院應設立相對獨立的發熱病人診室，診室應通風良好。
堅持首診負責制，一旦發現非典型肺炎疑似病人，應立即收治到專門的留觀室，專門留觀室須與其他留觀室隔離。無特殊原因，非典型肺炎病人或疑似病人應轉到指定醫院進行治療。定點醫院專門病房由感染(傳染)科、呼吸科和ICU醫護人員組成的聯合救治小組管理。
醫院要重視消毒隔離工作，各部門要密切協作，確保消毒隔離措施落實到位。要定期做好消毒監測，保證消毒效果。
綜合做好預防院內感染髮生的各項措施，醫務人員要增強體質，注意勞逸結合，避免過度勞累，提高抵抗疾病的能力。
其他普通病區要注意環境衛生、通風換氣，做好消毒、清潔工作。
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