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衛生部決定於6月上旬和中旬在全國範圍內開展傳染病防治工作執法檢查活動，重點檢查疫情報告制度的落實情況、傳染源流行病學追蹤調查以及傳染病隔離消毒措施執行情況。衛生部警告對檢查工作走過場、敷衍了事的地區，一經發現，衛生部將進行通報，並建議當地政府或者有關部門嚴肅處理相關責任人員。
爲全面貫徹落實黨中央、國務院關於傳染性非典型肺炎防治工作的部署要求，加強傳染病防治工作，根據《中華人民共和國傳染病防治法》及實施辦法、《突發公共衛生事件應急條例》《傳染性非典型肺炎防治管理辦法》等法律、法規和規章，衛生部將進行這次執法檢查。
在4日佈置這次執法檢查的電視電話會上，衛生部副部長馬曉偉告誡各地要認清當前非典防治形勢，增強緊迫感。他表示，近些天全國新增報告病例持續下降，疫情趨於平緩。但是，目前全國防治任務仍十分艱鉅。少數地區仍有新發病例出現，重點地區新發病例下降的持續時間還很短，防止疫情反覆的警惕性一刻也不能放鬆。
從本次非典疫情暴發流行暴露出來的問題看，衛生系統內部在疫情報告、傳染源追蹤、密切接觸者流行病學調查和隔離等關鍵防治環節還存在不規範、不到位、工作不夠深入等問題。有的地方疾病監測與疫情報告體系不順，信息不靈；非典以外的其他傳染病疫情緩報、漏報情況仍然存在。這些問題如果不及時糾正，都將構成傳染病流行、暴發的嚴重隱患。
因此，衛生部要求各地衛生行政部門在本次執法檢查中，要認真找出問題，切實落實整改措施。到被檢查單位不僅要聽介紹，更要實地進行覈實，掌握第一手資料。要深入醫療衛生機構傳染病防治工作第一線瞭解實際情況，幫助查問題、找原因、建機制。對發現的嚴重違法行爲，決不姑息。對涉嫌觸犯刑律的，要及時移送司法機關處理。
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