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在十五、十六日召開的中國-東盟非典型肺炎的經濟社會影響專題國際研討會上，來自衛生部官員坦言：這次非典疫情，充分暴露了中國應對突發公共衛生事件的四個主要問題。
衛生部疾病監控司肖東樓昨在發言中指出四個主要問題是：
第一、表現在沒有權威性的國家級指揮中心，難以統一協調。所以在處理特大和重大的突發事件時，往往出現多頭領導，各自爲政，職責不清，資源分散浪費，不能形成一個高效的運作機制，延誤了處理突發事件的最佳“戰機”，導致事態擴大，給人民生命健康和國家經濟帶來巨大損失。
第二、消息不暢，延誤對突發事件的預測、預報和預警。
第三、應急反應設備落後和技術物資儲備不足。現在，國家疾控中心的裝備一是老化，大部分爲八十年代用世行貸款項目採購，二是缺乏新的快速診斷設備儀器，三是儲備不足或沒有儲備。
第四、應急反應機構及專業技術隊伍力量薄弱。各地的疾病預防控制機構由於常規經費投入不足，大部分機構需要投入大量精力開展有償服務以維持正常工作，非常不利於隊伍的穩定和人員素質的提高，無法適應日益繁重的疾病預防控制日常工作和嚴峻的突發公共衛生事件應急處理任務。同時由於經費不足，工作環境與條件的落後，使人才流失嚴重，有的專業甚至已經出現專家空缺。
他同時針對上述的現狀指出，中國將在以下三個方面完善應急反應機制。第一、建設指揮有效，統一協調，反應及時，分級負責，分類指導，處置有效的指揮體系。
第二、建立數據報告準確，信息共享便利，能夠及時快速對各種突發事件進行預測預報的監測網絡體系。
第三、建立技術過硬，反應快速，設備先進，人才隊伍穩定的技術支撐體系。在充分利用現有衛生資源的基礎上，堅持預防爲主，保持常備不懈，以期構建起一個可持續發展的，具有國際水平和權威性的應急反應機制。
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