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衛生部常務副部長高強在向全國人大常委會報告當前我國重大傳染性疾病防治工作情況時坦陳，從整體上看，我國重大疾病防治工作的力量還不夠，力度還不大，重點不夠突出，許多工作還不到位，難以適應疾病預防控制的新形勢，不能滿足人民羣衆日益增長的衛生健康需求。
高強說，目前主要存在6個方面的問題：
——對重大傳染性疾病的嚴重性、危害性認識不足，預防爲主的衛生工作方針落實得不夠好。長期以來衛生部門和一些地方政府沒有把疾病預防控制作爲衛生工作最基本的職能和最重要的任務，貫徹預防爲主的衛生工作方針不堅決。衛生改革發展整體思路不夠明確，不適應社會主義市場經濟體制的新要求。存在重治療、輕預防，重城市、輕農村，重建設、輕管理的傾向。
——突發公共衛生事件應對機制不健全。傳染病流行等突發公共衛生事件在我國時有發生，但我們一直沒有建立完善的應對機制，沒有制定有效的應急預案。缺乏公開、透明的疫情報告制度和監測網絡；醫療資源條塊分割，導致應急指揮不統一，信息不暢通，反應不靈敏，難以有效應對突如其來的重大傳染病流行等突發公共衛生事件。
——疾病預防控制能力不強。目前，國家、省、市(地)、縣(市)四級已建立疾病預防控制機構3463個，有職工20萬人左右。但從總體來看，職責不明，功能不強，素質不高，設施落後。相當多的機構和人員沒有把主要工作精力放在疾病預防控制上。在設施裝備、人才培養和工作部署等方面，難以有效應對重大傳染病的流行。
——衛生法制建設滯後。傳染病防治法於20世紀80年代後期公佈施行，現在許多情況發生了變化，有些規定已不能適應新形勢的要求。同時衛生執法不嚴、監督不力的問題比較普遍，多頭執法、重複執法、有權無責、以罰代管的問題沒有完全解決。一些地方和單位有法不依、違法不究，違法違規銷售僞劣食品，瞞報、緩報、漏報疫情等問題時有發生。
——農村衛生工作相當薄弱。農村是我國衛生工作的重點，但對這一方針貫徹落實得不好，農村缺醫少藥、衛生條件落後的狀況沒有大的改變。大多數鄉鎮衛生院房屋破舊，缺乏基本醫療設備，從業的衛生技術人員中相當一部分業務素質不高，缺乏必要的專業知識和技能。一些農村地區常規免疫接種率下降，導致部分人羣出現免疫空白，一些傳染病發病率回升。
——政府財政投入不足。近年來，衛生事業費佔財政支出的比重逐年下降。20世紀80年代平均爲3.1%，2002年下降到1.7%。1995年，在全國疾病預防控制機構支出中，財政撥款佔75%；2002年下降到41%。
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