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雖然抗菌藥憑處方購買的變革還不是迫在眉睫，但是醫療機構早已行動起來，利用“過渡期”這段寶貴時間，通過培訓、調研、督察等各種手段，向不規範應用抗菌藥的行爲開刀。復旦大學附屬華山醫院抗生素研究所副所長、傳染病科主任張永信教授表示：社會出於信任，將應用抗菌藥的權利完全置於醫生的筆下，廣大醫務工作者更應該感到責任重大。
上海最大的醫療機構瑞金醫院專門組建了抗菌藥應用委員會，在院內感染委員會的領導下開展工作。在此基礎上，一份《瑞金醫院抗菌藥物應用規範》及時出臺，要求各級醫務人員掌握抗菌藥的應用指徵；嚴格規範標本採集程序、重視確認病原菌的環節；每月出版《院內感染通訊》發佈院內臨牀監測到的主要細菌。病人使用二線以上的抗菌藥物必須填寫申請表，由主治醫生以上醫務人員簽字。瑞金醫院副院長俞卓偉告訴記者：抗菌藥的合理應用，是對醫院管理水平、技術水平和醫德醫風的全面考驗。除了定期開展合理運用抗菌藥的培訓外，藥劑科每月排出前10位左右的藥物使用量，發現其中有不明原因的“異軍突起”藥物，就先停藥，再追究原因。
目前，電子病歷在上海醫療機構已經不是什麼新鮮事，醫生在計算機上記錄病史、開處方，藥方通過網絡直接轉移到藥房的電腦屏幕上。在“無紙化”的趨勢下，如何確保藥方外流的暢通，成爲衆多醫院正在研究的話題。醫療機構紛紛表示：絕對不爲患者帶處方到藥店買藥“設卡”。徐彙區中心醫院除了家庭病牀外，已經基本上看不到手寫處方，院長辦公室副主任、外科主治醫生任雪雷表示：獲悉上海實行抗菌藥憑處方購買的時間節點後，醫院將抓緊制訂有關的規章，規定如何應患者的要求手寫處方。上海近年來積極推進的“三醫聯動”改革也爲合理使用抗菌藥進行了良好的鋪墊。“醫療機構不靠賣藥取勝，不應該靠藥品收入來支撐醫院。”在醫藥分流的大背景下，上海衛生系統正努力降低醫療總費用中的藥品收入比例，提高技術收費含量。
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