衣原體肺炎的治療原則與一般肺炎的治療原則大致相同。
1.一般治療注意加強護理和休息，保持室內空氣新鮮，並保持適當室溫及溼度。保持呼吸道通暢，經常翻身更換體位。煩躁不安可加重缺氧，故可給適量的鎮靜藥物。供給熱量豐富並含有豐富維生素、易於消化吸收的食物及充足水分。
2.抗生素治療
(1)大球內酯類抗生素①紅黴素：衣原體肺炎的抗生素應首選紅黴素，用量爲50mg/(kg·d)，分3～4次口服連用2周。重症或不能口服者，可靜脈給藥。眼淚中紅黴素可達有效濃度，還可清除鼻咽部沙眼衣原體，可預防沙眼衣原體肺炎的發生。②羅紅黴素或羅力得：用量爲5～8mg/(kg·d)，分2次於早晚餐前服用，連用2周。如在第1療程後仍有咳嗽和疲乏，可用第2療程。③阿奇黴素(sumamed)：是一種氮環內脂類抗生素，結構與大環內脂類抗生素相似。口服吸收很好，最高血清濃度爲0.4mg/L。能迅速分佈於各組織和器官。對衣原體作用強。治療結束後，藥物可維持在治療水平5～7d。t1/2爲12～14h，每日口服1次，療程短。以藥物原型經膽汁排泄。與抗酸藥物的給藥時間至少間隔2h。尚未發現與茶鹼類、口服抗凝血藥、卡馬西平、苯妥英鈉、地高辛等有相互作用。兒童(體重10kg以上)第一天每次10mg/kg，以後4d每天每次5mg/kg，1次頓服，其抗菌作用至少維持10天。④甲紅黴素(clarithromycin)：在體外對肺炎衣原體內脂類藥物治療肺炎衣原體感染與紅黴素同樣有效。
(2)磺胺異噁唑(SIZ)用量爲50～70mg/(kg·d)，分2～4次口服，可用於治療沙眼衣原體肺炎。
